Derfor dateres Søbygaard som regel omkring 1580. I slutningen af 1570’erne havde hertugen opført hovedgården Gråsten i Ærøs østlige ende, og efter 1600 blev hovedgården Gudsgave vest for Marstal opført.

HERTUGERNE

Hertug Hans den Yngre arvede Ærø i 1564. Han overtog dog først øen i 1571 efter sin mors død, men jorden omkring Søbygaard forblev under den danske konge, da området var gammelt kirkegods, og Ærø var ligesom Als en del af Fyens Stift, selv om begge øer lå inden for hertugdømmet Slesvig.

Hans den Yngre ville meget gerne have Søbygaards jorder, og i 1579 lykkedes det.

Omkring denne tid påbegyndte han bygningen af hovedgården med avlsbygninger og en imponerende voldgrav.

Hans den Yngre skrev i et brev fra 1609, at han ca. 30 år inden var gået i gang med at opføre Søbygaard.